2025/100 Servei d’anàlisi per seqüenciació massiva d’extractes de DNA i RNA de mostres de sòl i de cultius bacterians

Anàlisi genòmica de soques bacterianes i comunitats per tal d’identificar organismes clau i determinar el seu rol dins les xarxes metabòliques del sòl que contribueixen a l’eliminació de contaminants orgànics. Aquesta prestació inclourà el transport de les mostres, el control de qualitat, el processat i seqüenciació, i l’entrega de resultats en format electrònic (veure el plec de prescripcions tècniques, des d’ara PPT). Aquest anàlisi requereix d’una preparació prèvia al laboratori on s’obtindran extractes de DNA i RNA de mostres de sol i cultius d’enriquiment i s’enviaran per que es sotmetin als següents tipus d’anàlisi: - Metabarcoding del gen de rRNA 16S (aproximadament unes 315 mostres). - Anàlisi metagenòmica shotgun (aproximadament unes 40 mostres). - Metatranscriptomes (12 mostres). A més, s’obtindran aïllats bacterians el DNA dels quals s’enviarà per anàlisi de genomes complets (PacBio) (5 genomes). Les mostres s’aniran generant a mesura que avanci la investigació, per tant no es possible saber a priori el lots (enviaments) que es generaran. Aquest objecte correspon a les tasques descrites en el projecte Diseño basado en el riesgo de la biorremediación de emplazamientos contaminados por Hidrocarburos para proporcionar suelos resilentes: Redes matabólicas microbianes, codi PID2022-139732OB-C22, finançat pel MICIU/AEI/10.13039/501100011033 y por FEDER, UE. IP Magdalena Grifoll Ruiz.